Urodził się 12 lipca 1967r. Dorastał na Long Island w Nowym Jorku, dokładnie w Kings Park, gdzie wraz z Johnem Myungiem i Kevinem Moore'em chodzili razem do szkoły. Od najmłodszych lat miał kontakt z muzyką - wychowywał się w bardzo muzykalnej rodzinie. Starsza siostra grała na pianinie i organach, młodsza na klarnecie, a brat na basie. John, widząc jak wielu jego znajomych z sąsiedztwa grywa na gitarze, również postanowił rozpocząć naukę gry na tym instrumencie, miał wtedy 12 lat, jednak nie trwała ona długo - młodego muzyka zniechęciły długie zajęcia pozalekcyjne. Mimo wszystko, nadal chciał osiągnąć poziom techniczny swoich mistrzów, którzy we wczesnych latach edukacji wywierali na niego największy wpływ (m.in. Yngwie Malmsteen, Randy Rhoads, Iron Maiden, Stevie Ray Vaughn, Yes, Rush).

Parę lat później zainteresowanie Johna wzbudził rozpowszechniający się w bardzo szybkim tempie thrash metal, a konkretnie jedne z najpopularniejszych zespołów tego gatunku - Metallica
i Queensryche. Jednak dla utalentowanego, młodego gitarzysty z Long Island stawiały one wciąż zbyt niską poprzeczkę i zaczął szukać inspiracji wśród wirtuozów instrumentu (są oni do dziś jego ulubionymi gitarzystami), takich jak Steve Morse, Steve Vai, Allan Holdsworth, Al DiMeola, Mike Stern, Joe Satriani, Neal Schon i Eddie Van Halen - pracował nad swoją techniką, aby osiągnąć lepszą szybkość a także jakość gry.

Samodyscyplina i determinacja w dążeniu do celu, jakim było osiągnięcie poziomu technicznego mistrzów, zaowocowała tym, że John jest obrecnie jednym z najlepszych gitarzystów świata. Jednym z dowodów na to jest możliwość występowania wraz ze Steve'em Vaiem oraz Joe Satrianim na trasie koncertowej G3.

Perfekcja - to słowo chyba najlepiej określa obecny poziom techniczny Johna. Doskonale opanował praktycznie wszystkie techniki wykonawcze, a jego znakiem rozpoznawczym, podziwianym przez samego Steve'a Morse'a, jest niesamowita szybkość kostkowania prawą ręką. Jednak nie sama technika wyróżnia jego grę - wśród skomplikowanych rytmicznie riffów i między dźwiękami zawiłych melodycznie solówek gromadzi się potężna dawka emocji, które niejednokrotnie wprawiają słuchacza w osłupienie. Jego kompozycje opatrzone są zwykle ciekawą harmonią i niebanalną rytmiką, potrafiącą zmieniać się na przestrzeni kolejnych taktów.

Od kilku lat John prowadzi również działalność edukacyjną, organizując kliniki, podczas których przekazuje młodym muzykom swoją muzyczną wiedzę, dotyczącą głównie zagadnień związanych z gitarą. Jest on również autorem instruktażowego video Rock Discipline, prezentującego zestawy ćwiczeń mających na celu przygotowanie poszczególnych technik gitarowego grania.

John Petrucci ma na koncie 8 studyjnych albumów z Dream Theater i bierze udział w wielu pobocznych projektach: Liquid Tension Experiment, Explorer's Club. Nagrał również swój solowy krążek - Suspended Animation, a także muzykę do gry komputerowej Necronomicon firmy Sega Saturn.

Od 1999 roku Petrucci gra na sygnowanych własnym imieniem gitarach firmy Music Man, współtworzonej przez Ernie Ball, wcześniej używał również sygnowanych Ibanezów, opierających się na serii RG. Oba instrumenty powstały w wersjach zarówno 6-, jak i 7-strunowych. W swoich gitarach zawsze stosuje przetworniki DiMarzio. Petrucci jest także znany z używania wzmacniaczy firmy Mesa/Boogie.

John mieszka wraz z swoją żoną - Reną, a także trójką dzieci (SamiJo, Reny i Kiara) w Nowym Jorku, a swój wolny czas spędza z nimi jeżdżąc na rolkach, rowerze i oglądając filmy.